在布局上，核醫(yī)學科室布局與其它科室有很大區(qū)別，需要根據房間功能性和診療流程進行區(qū)域劃分，根據《電離輻射防護與輻射源安全基本標準 》（GB18871-2002），輻射工作場所分為控制區(qū)和監(jiān)督區(qū)。在區(qū)域之間應有嚴格的分界和過渡，內部通道及流線（醫(yī)護流線、患者流線、核素流線）也應嚴格分開，實現醫(yī)患分流；開展大劑量的核素治療（如甲狀腺癌治療），還應考慮設置專用病房及病房設計；核醫(yī)學科使用放射性核素會產生“三廢"（固體廢物、廢氣、廢水），因此在布局設計上要考慮放射性廢物室、過濾排氣裝置和放射性廢水衰變池等，而其它普通科室產生的為一般醫(yī)療廢物，并不需要特殊設計。

核醫(yī)學科布局存在的主要問題為：控制區(qū)和監(jiān)督區(qū)劃分不明顯；內部流線（醫(yī)護人員、患者、核素流線）交叉現象嚴重。

核醫(yī)學工作場所的平面布局要求將放射性與非放射性工作場所嚴格分開，不同放射核素及輻射水平的工作場所嚴格分開。

一般在設計臨床核醫(yī)學科時，需要考慮的因素包括：從接受放射藥品、用藥過程至廢棄物的處置等全過程的安全性，對工作人員、病人和公眾的照射最小化，設施能夠防止放射性污染失控或擴散，易去污。